Την άνοιξη του 1858, ανέλαβε τη πρώτη εργασία. Να σχεδιάσει μια εκκλησία για το Ευαγγελικό Κοιμητήριο της Βιέννης, σε μεγαλύτερη κλίμακα, για να χρησιμεύσει στην εκτέλεση του έργου. Στη συνέχεια κατά την παραμονή του στη Βιέννη, σχεδίασε την πίσω όψη και την τομή της Ακαδημίας της Αθήνας καθώς και άλλα οικοδομήματα στο ατελιέ του Χάνσεν.
Η τεχνοτροπία του Τσίλλερ διακρινόταν από την ακριβή γνώση και καλαισθησία. Ακριβώς για την τυπικότητά της βρήκε μεγάλη διάδοση στην οικοδόμηση της πόλης. Ακόμη και σε σπίτια πενιχρής τάξεως έβλεπε κανείς εξαίρετης καλαισθησίας κορνίζες και άλλα τραβήγματα, μαρμάρινα φουρούσια μπαλκονιών με ιωνικούς έλικες, πήλινα διακοσμητικά στοιχεία και επίκρανα παραστάδων, ακροκεράμους, ψευδοκαρυάτιδες, όλα δημιουργήματα του Ερνέστου Τσίλλερ.
Ο Ερνέστος Τσίλλερ έχτισε τον σεβαστό αριθμό των 500 οικοδομών στην Αθήνα, στον Πειραιά και στα περίχωρα, στα νησιά και σε άλλα μέρη της Ελλάδας. Μεταξύ των οικοδομών αυτών είναι θέατρα, ναοί, δημόσια κτίρια, σχολεία, ιδιωτικά μέγαρα και κατοικίες, στοές (αγορές), πολυκατοικίες, μνημεία, σιδηροδρομικοί σταθμοί κ.λπ. Αναφέρουμε μερικές από τις οικοδομές του:
- Το Βασιλικό Παλάτι.- Τα μέγαρα Σλήμαν, Δεληγιώργη, Σταθάτου, Πέτρου Καλλιγά . Συριώτη, Ψύχα (Ιταλική Πρεσβεία), Βούρου (οδός Σταδίου), Βούρου (οδός Κηφισσιάς), Μαυρομιχάλη 4, Lueders, Κούπα, Πεσμαζόγλου (οδός Κηφισσιάς).
- Τις οικίες Σούρη, Θεοδωρίδου, Μάνσα, Μεταξά, Ευθυμίου, Σβορώνου, Θων, Καλογήρου.
- Διάφορα καταστήματα.
- Την Γερμανική και την Αυστριακή Αρχαιολογική Σχολή.
- Το Δημοτικό Θέατρο.
- Το Βασιλικό Θέατρο.
- Τα Θέατρα των Πατρών και της Ζακύνθου.
- Τα Ξενοδοχεία Μελά (Κεντρικό Ταχυδρομείο), «Πάγγειον» και «Μ.Αλέξανδρος».
- Το Δημαρχείο της Ερμουπόλεως.
- Τον Άγιο Λουκά.
- Τις Εκκλησίες του Ορφανοτροφείου Χατζηκώστα, του Αιγίου, των Βιλλιών, της Μάνδρας.
- Την Τράπεζα Αθηνών (οδός Σοφοκλέους).
- Την πρόσοψη του Αρσακείου.
- Τον Συνοικισμό Επαύλεων στην Πλατεία Αλεξάνδρας, στην Καστέλλα.
- Πέντε σχέδια εξωραϊσμού του Λυκαβηττού και πολλά άλλα.
