Ήρθε στην ΑΕΚ το καλοκαίρι του 2006 και συνέβαλε στην γιγάντωση του τμήματος στο οποίο τελικά έγινε παίκτης-σύμβολο. Κατέκτησε δύο πρωταθλήματα με τον Δικέφαλο (αυτό το 2011 όπου με δικό του γκολ η ΑΕΚ έκανε την επική ανατροπή απέναντι στον ΠΑΟΚ και αυτό του 2013) ενώ σήκωσε και τρία κύπελλα Ελλάδας (2009,2013,2014).
Αναλυτικά η επιστολή με την οποία ο Μπακαούκας ανακοίνωσε την αποχώρηση του:
«Ήρθε η στιγμή της αποχώρησης μου από το αγαπημένο μου άθλημα και ομάδα. Το μυαλό λέει μπορεί το σώμα αντέχει αλλά οι συνθήκες τής ζωής πρέπει να σταματήσεις. Φεύγω έχοντας ζήσει πολύ μεγάλες στιγμές χαραγμένες στη καρδιά στιγμές που δεν πρόκειται να ξεχάσω ποτέ. Θέλω να πω ότι ένα μεγάλο ευχαριστώ στον υπέροχο κόσμο της ΑΕΚ για όλα όσα μου χάρισε στιγμές μαγικές απόκτησα φίλους αδέρφια που ξέρω ότι θα είναι εκεί οπότε τους χρειαστώ και αυτοί εμένα επίσης. Θα ήθελα να ευχαριστήσω τους προπονητές μου που όλα αυτά τα χρόνια συνεργαστήκαμε και ιδιαίτερα Τον Τάκη Τηλεμάχου,που με έκανε να αγαπήσω το χαντμπολ όλους τους συμπαίκτες μου για όλα αυτά τα χρόνια της πορείας μου στο άθλημα
Θα ήθελα να αναφερθώ ιδιαίτερα σε δύο άτομα τον Γιώργο και τον Φάνη. Τον Γιώργο τον ξέρω 23 χρόνια τον Φάνη 11. Δεν είναι φίλοι μου. Είναι οικογένεια μου. Έχουμε ζήσει πολλά, χαρές, λύπες. Έχουμε πραγματοποιήσει κάποια από τα όνειρα μας. Δημιουργήσαμε τις δικές μας οικογένειές
Μάγκες μου η τελευταία χρονιά δίχως εσάς ήταν δύσκολα…
ΥΓ: ΟΙ ΜΕΓΆΛΕΣ ΑΓΑΠΕΣ ΔΕΝ ΧΩΡΊΖΟΥΝ ΠΌΤΕ! ΑΕΚ ΣΑΓΑΠΩ, ΕΙΣ ΤΟ ΕΠΑΝΙΔΕΙΝ»