Σε γυάλινες προθήκες σώζονται στη Σαλαμίνα και κάποια από τα όπλα του Καραϊσκάκη |
Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας, λόγω της θέσεως και της ασφάλειας, συνείσφερε θετικά στους αγώνες, ενώ ταυτόχρονα απολάμβανε ορισμένων προνομίων.
Πήρε μέρος στα ορλωφικά με αρχηγό το Μητρομάρα, ο οποίος άφησε το σπαθί του τάμα στη Φανερωμένη. Αργότερα δημιουργήθηκε πυρήνας Φιλικών με πρώτο τον ηγούμενο της Ι. Μ. Παναγίας Φανερωμένης, Γρηγόριο Κανέλλο ο οποίος μύησε και τους αδελφούς Αναγνώστη και Αντώνη Βιρβίλη.
Στην Επανάσταση του 1821 έλαβαν δραστήρια μέρος με επικεφαλής τον Γεωργάκη Γκλίστη καθώς και τους Γιωργάκη Μάθεση, Ιωάννη Βιέννα, κ.ά. Πολύ μεγάλη και σημαντική ήταν και η βοήθεια που πρόσφερε στον Αγώνα η Ι. Μ. Φανερωμένης. Το 1823 εγκαταστάθηκε το Εκτελεστικό και το Βουλευτικό σώμα της Προσωρινής Διοίκησης της επαναστατημένης Ελλάδας ενώ το 1824 μεταφέρθηκε το τυπογραφείο όπου εκδόθηκε το πρώτο φύλλο της ''Εφημερίδας των Αθηνών'',από τον Γ. Ψύλλα.
Στη διάρκεια της επανάστασης η Μονή αποτελούσε νοσοκομείο για τους αγωνιστές και καταφύγιο του άμαχο πληθυσμού. Υπήρχαν ημέρες που σιτίζονταν 75.000 άτομα. Τα πολυάριθμα ζώα της μονής θυσιάστηκαν για τις ανάγκες συντήρησης. Το δάσος της μονής κόπηκε για τη στέγαση και θέρμανση.
Ο Κιουταχής προσπάθησε επανειλημμένως να καταλάβει τη μονή χωρίς να το επιτύχει. Στον αύλιο χώρο της μονής υπάρχει το τάφος του οπλαρχηγού Γιάννη Γκούρα.
Επίσης, εδώ επανειλημμένα φιλοξενήθηκαν το σύνολο των αγωνιστικών του ΄21 που έλαβαν μέρος στις επιχειρήσεις της Αττικής, της Αθήνας και του Φαλήρου όπως: ο Μακρυγιάννης, ο Τζαβέλλας, ο Κριεζώτης, ο Δ. Υψηλάντης, ο Μαυροβουνιώτης και άλλοι.
Φιλοξενήθηκε και ο Γ. Καραϊσκάκης του οποίου επίλεκτο σώμα αποτέλεσαν Σαλαμίνιοι Αγωνιστές. Ο Καραϊσκάκης θάφτηκε στο ναό του Αγίου Δημητρίου, του οποίου ήταν και επιθυμία, το 1827. Το 1996, ο τάφος του ανακατασκευάστηκε και στον περίβολο του ναού στήθηκε η προτομή του. Το 1830 ο Καποδίστριας ίδρυσε το παλιό 1ο Δημοτικό Σχολείο, το οποίο λειτούργησε μέχρι το 1981. Σήμερα στεγάζει το αρχαιολογικό μουσείο.